Нужно держать все ресурсы, которые используются для моделирования в exe. QT это легко позволяет делать. НО не получается заставить принимать OGRE пути вида ":media/test.mesh". Как научить OGRE понимать такие пути ?

Научить нельзя. Но если он умеет принимать указатели на двоичные данные в памяти с нужными ресурсами, то можно делать дополнительные телодвижения.