Как разбивать проект по файлам? Опции

[0v.v0]

Нигде не могу найти ответ и сам никогда с этим не сталкивался.
Чем дольше растёт проект, тем больше появляется файлов. Обычно их раскладывают по папкам и используют в определённом контексте. Но в Qt файлы с одинаковыми названиями выдают ошибку метакомпилятора, даже если находятся в разных директориях. Как грамотно обойти эту проблему, чтобы не называть файлы длинными именами (неудобно для восприятия) и не пронумеровывать повторы (смотрится дико) ?