Непонятно, что делать с именами либ.
Либы собираются с длинными именами в которые включены кроме имени самой либы, префикс, название инструмента, цель, версия.

При сборке проекта к нему должны быть явно подключены используемые либы.
Что делать если проект переносится на другую платформу, компилируется с другим инструментом, меняется debug/release/static/и др.опции, обновляется версия boost и т.п.

Как собрать библиотеки с "чистыми" именами и правильно ли так делать?

Пересобрать для нужного компилятора, платформы, debug / release. Ну и при обновлении буста та же процедура.

Проблема в другом.
При любом изменении(а это очень часто) придется переделывать проект, перепроверять все подключаемые либы?
Просто я никогда так не делал, считал излишним, возможно неправильно, но проблем не было.
Обычно сохранял текущие версии либ в другом каталоге, перекрывал старые версии новыми и никаких изменений в проекте не делал.