В некоторых местах моего интернет-магазина JavaScript-сценарии выглядят так:

<script type="text/javascript"><!--
...;
//--></script>

т.е. в нутри тэга script содержимое обёрнуто HTML-коментарием.

в тоже время примеры в интернете такого не имеют

<script type="text/javascript">
...;
</script>

Вопросы:
- для чего (и в каких случаях) оборачиваю в HTML-комментарий
- на что может повлиять убирание HTML-комментария?

некоторые браузеры не понимают скриптов и это сделано, чтобы они не мешали загрузке страницы в таких браузерах.
на практике такие браузеры не встречаются, поэтому в примерах особо никто не парится.