Есть VerticalLayout в нём QwtPlot и VerticalSpacer, но этот spacer игнорируется...
Почему так?

глянь настройку минимальной высоты плоттера

minimumSize 0 x 0
maximumSize 16777215 x 16777215

Что значит spacer игнорируется? Какой результат хотите получить?

Допустим у меня расставлены plot spacer plot.
Если я им выставляю долевые соотношения 3,2,1, то хочу чтобы они так и располагались, а этого не происходит.
Получается что оба plot'а делят свободное место на двоих.

Поставьте спейсеру sizeType MinimumExpanded, но непонятно все равно, зачем делать спейсер, который будет место занимать.
Если нужно место между графиками, используйте layoutSpacing.