qmake в список дерикторий с инклудами включает директорию с исходниками самого проекта. Как-нибудь можно его от этого отучить?

Вы про HEADERS в .pro?
Так как именно путь к инклудам нигде не задается, вроде. Только пути к инклудам самого кьюта.

Попробуй так:

INCLUDEPATH       -=    ./

Хотя я не понимаю зачем это может понадобится.

to RazrFalcon

при таком pro-файле:

QT += core
QT -= gui

TARGET = Testtt
CONFIG += console

TEMPLATE = app

SOURCES += main.cpp

компиляция происходит так: g++ -c -g -frtti -fexceptions -mthreads -Wall -Wextra -DUNICODE -DQT_LARGEFILE_SUPPORT -DQT_DLL -DQT_CORE_LIB -DQT_HAVE_MMX -DQT_HAVE_SSE -DQT_HAVE_MMXEXT -DQT_HAVE_SSE2 -DQT_THREAD_SUPPORT -I"..\..\..\_Qt\qt-4.8.3\include\QtCore" -I"..\..\..\_Qt\qt-4.8.3\include" -I"..\..\..\_Qt\qt-4.8.3\include\ActiveQt" -I"debug" -I"..\Testtt" -I"." -I"..\..\..\_Qt\qt-4.8.3\mkspecs\win32-g++" -o debug\main.o ..\Testtt\main.cpp

жирное надо убрать.

to Litkevich Yuriy

INCLUDEPATH пробовал, не помогает.

HEADERS = ""

?

HEADERS вообще не то.

У меня с моим вариантом не компилило, так что может и оно.

RazrFalcon, HEADERS - список заголовочных файлов, которые нужно просмотреть метаобъектному компилятору, вроде, больше он не для чего не используется.