как идею могу подсказать, правда в терминах DX
С openGL не знаком совершенно
нужно две поверхности в памяти A и B
1)
на A делаешь рендер для левого глаза, затем через строчку рисуешь горизонтальные чёрные линии (нечёт)
2)
на B делаешь рендер для правого, затем через строчку рисуешь горизонтальные чёрные линии (чёт)
3) совмещаешь A=(A OR B )
4) флипаешь A на видимую поверхность
---------------
но подозреваю, что видюха сама умеет делать эти чёрные линии, например какой-нибудь маской, или опцией. Как в DX такое делать автоматически тоже пока не знаю