В cygwin пытаюсь сконфигурировать GTK, но вот, что получается:

$ ./configure
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... no
checking build system type... i686-pc-cygwin
checking host system type... i686-pc-cygwin
checking for native Win32... no
checking for gcc... no
checking for cc... no
checking for cl.exe... cl.exe
checking for C compiler default output file name...
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.

Нутром чую, что нужно gcc, но вроде весь пакет поставил, и в ним ли дело?

Скорее всего ты не все пакеты установил, попробуй поставить все...

Я уже понял, на работе качаются все пакеты, которые прилагаются к cygwin'e, завтра с утра проверю.

Так и есть, не все поставил, другими словами руки не от туда растут.