Маленькое замечание:
pro-файл субпроекта должен называтся также как и каталог в котором он лежит, т.е.
Если имеется такой корневой pro-файл:
TEMPLATE = subdirs
SUBDIRS += Modules/Project1 \
Modules/Project2 \
Modules/Project3
CONFIG += ordered
и имеем такие субпроекты:
Modules/Project1/Project1.pro
Modules/Project/Project2.pro
Modules/Project3/src.pro
то qmake распознает только первый из них.
Второй будет проигнорирован, т.к. в реалиях нет такого (Modules/Project2) пути.
третий будет проигнорирован, т.к. имя pro-файла отличается от имени каталога, а котором он лежит.