somefile.pri:
# includes from this folder
SOURCES += $$PWD/somefile1.cpp $$PWD/somefile2.cpp
HEADERS += $$PWD/somefile1.h $$PWD/somefile2.h
а затем в .pro-файле просто пишем:
...
include(somedir/somefile.pri)
...
Тем самым во-первых не нужно писать полные пути к файлам, а во-вторых для каждой папки можно иметь отдельный файл со списком исходников, и при этом не нужно при добавлении нового файла лазить в .pro-файл, т.е. можно работать не покидая данную папку. Насколько я понял, $$PWD будет означать полный путь к текущей папке в которой содержится данный файл, хотя более-менее внятной документации по этому поводу я не нашел. Сам прием подсмотрел в структуре самой библиотеки Qt.