Собственно вопрос - есть ли универсальный способ получить время до миллисекунд?

Думаю, что более-менее универсальный способ получить время с такой точностью - это boost::xtime. С одной стороны, гарантий там, вроде бы, никаких, с другой - на Linux и Win32 платформах точность не ниже миллисекунды.

Ну не будешь же ты boost подключать только ради получения точного времени.

Человеку ведь нужен портируемый способ? Вот я и предлагаю.

Тогда уж проще делать так:

#ifdef *NIX
   // получаем время используя *NIX функции
#endif

#ifdef WIN32
   // получаем время используя WIN32 функции
#endif

// ...