Значится есть файл:

fstream file;
file.open("file.dat", ios::app | ios::out | ios::in | ios::binary);

В файл будем писать. Как его очистить перед записью?

убери ios::app и добавь ios::trunc.
почитай в документации про флаги: http://www.cplusplus.com/doc/tutorial/files/