а зачем выполнять правила, вывод которых никто не использует? это не то, чтобы вопрос оптимизации. просто любой обработчик работает не случайным образом, а строит дерево зависимостей и туда ничего лишнего не попадает. если есть что-то, что существует отдельно - это должно быть в отдельном проекте или каком-то отдельном теге для сборки. для любых систем сборки есть сборка проектов в поддиректориях. в Qt это subdirs.
документация qbs сообщает:
Цитата
TEMPLATE = subdirs
Inside a “Project” item, use “references”:
Project {
references: [
"app/app.qbs",
"lib/lib.qbs"
]
}